東京は事実上、日本国の首都として機能していますが、法律上は首都を定めることがありません。「両都制」や「京都正式説」などの諸説があります。今でも議論が続いているそうです。
私に言わせれば、「みやこ」は東京を指していると思います。理由は極めてシンプルです。天皇陛下が東京に住んでいるからです。無論、中央行政期間なども東京に集中しています。
その一方、京都が天皇陛下の「実家」であると言われる他に、あまり特別なそれを示すものがなさそうです。神道の観点からみても、聖地として伊勢と出雲が挙げられますが、京都には重要な神社がないのでしょうか。
という訳で、私は「東京」のことを「みやこ」と認識しています。